菌群移植胶囊的制作流程如下：

　　1、采集肠道菌群

　　2、制备胶囊基质

　　3、将采集的肠道菌群与胶囊基质按照一定的质量比混合均匀，形成胶囊球体。 将形成的胶囊球体进行固化、清洗、干燥后，冻存于-80℃冰箱，现用现取。

　　以上步骤仅供参考，具体操作可能会因实际情况而有所不同。如果您需要制作菌群移植胶囊，建议您咨询专业人士获取详细信息。