肠道菌群包括多种细菌，大致可分为三类，益生菌、有害菌和机会致病菌。

　　益生菌：主要包括双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等，是对人体消化吸收食物、胃肠道功能维护以及提高对外界抵抗力有帮助的菌群。

　　有害菌：是专门致病的菌群，对人体没有益处，大多数有害菌群可被非特异性免疫功能杀死，不能入侵人体，但机体内有害菌群数量一旦失控大量生长，就会引发多种疾病，主要包括绿脓杆菌、葡萄球菌、志贺杆菌等。

　　条件致病菌：一般在机体免疫力下降时侵袭人体，导致患者出现肠道感染，主要包括粪肠球菌、大肠杆菌等。

　　此外，不同人群的肠道菌群也不同，其组成和数量存在个体差异性，可能受个体遗传和生活习惯控制。