微生物暗物质(Microbial Dark Matter，MDM)是一个在微生物组学研究中提出的概念，它指的是那些尚未被充分研究或理解的微生物群落、物种和功能基因。这些微生物暗物质存在于各种环境中，包括土壤、淡水、海洋以及人体和动物体的肠道等。它们可能对环境和宿主健康有重要影响，但由于技术限制或其他原因，我们目前对它们的了解仍然非常有限。

　　随着DNA测序和生物信息学技术的发展，我们已经能够从复杂的环境样品中直接探索微生物暗物质的基因组。通过使用单细胞基因组和宏基因组学方法，研究人员可以获得单扩增基因组(SAG)和宏基因组组装基因组(MAG)，这些方法为研究微生物暗物质带来了曙光。与基于marker gene的方法相比，使用高质量的SAG或MAG可以更可靠地预测微生物暗物质的代谢潜力。

　　微生物暗物质的研究不仅有助于我们更深入地理解微生物世界的多样性和复杂性，还可能为环境保护、医疗卫生、农业生产等领域提供新的视角和解决方案。例如，在医疗卫生领域，通过研究肠道微生物暗物质，我们可能发现新的治疗方法来预防或治疗某些疾病。在农业生产领域，了解土壤中的微生物暗物质可能有助于开发更环保和可持续的农业实践。

　　总的来说，微生物暗物质是一个充满挑战和机遇的研究领域。随着技术的进步和研究方法的不断完善，我们有望在未来揭开微生物暗物质的神秘面纱，并利用这些知识来改善人类生活和保护地球环境。