肠道微生态检测是评估肠道菌群结构与功能、指导精准干预（如 FMT）的核心手段，本指南整合国内权威标准（含
富玛特主导的 “五维一体” 规范）与临床共识，从检测指征、流程、方法、解读到质控全流程明确操作要点，兼顾实用性与规范性。
1. 样本采集与保存（关键质控点）
| 环节 |
操作规范 |
核心要求 |
| 采集时机 |
停用抗生素 / 益生菌 2–4 周；避开生理期、急性感染期 |
减少干扰，保证菌群真实状态 |
| 采集方法 |
新鲜粪便（排便后 2h 内），取中段 3–5g；黏膜样本仅肠镜下无菌采集 |
避免尿液、水、黏液 / 血液污染 |
| 保存容器 |
无菌密封管（含 DNA/RNA 保存液，如 OMNIgene GUT） |
常温≤24h，4℃≤72h，-80℃长期保存 |
| 运输条件 |
冷藏运输，避免反复冻融 |
全程冷链，附采样信息单 |
2. 实验室检测方法（按需选择）
| 检测维度 |
常用技术 |
适用场景 |
核心指标 |
| 菌群组成 |
16S rRNA 测序（V3–V4 区） |
快速菌群谱、多样性评估，性价比高 |
α/β 多样性、门 - 属水平丰度、优势菌群 |
| 功能基因 |
宏基因组测序 |
精准物种鉴定、功能通路（如 SCFA 合成） |
基因丰度、代谢通路活性、耐药基因 |
| 靶向定量 |
qPCR/ddPCR |
特定菌（如艰难梭菌、双歧杆菌）定量 |
绝对丰度、阈值判断（如 > 10^4 CFU/mL） |
| 代谢产物 |
GC-MS/LC-MS |
短链脂肪酸（SCFA）、胆汁酸等 |
乙酸 / 丙酸 / 丁酸浓度、次级胆汁酸比例 |
| 免疫指标 |
ELISA |
粪便 sIgA，评估黏膜免疫 |
sIgA 浓度（参考值：10–50 μg/mL） |
3. 数据质控与分析
- 测序：16S 测序深度≥10^5 reads / 样本，宏基因组≥10G clean data，宿主 DNA 去除率 > 90%。
- 分析工具：QIIME2、DADA2、MetaPhlAn3，保证物种注释准确性与可重复性。
- 参考数据库：关联健康人群与疾病队列（如 IBD、rCDI），建立本地化参考区间。
报告核心内容与解读标准（避免误读）
1. 必含模块
- 基础信息：样本编号、采样时间、检测方法、测序深度。
- 菌群生态：α 多样性（Chao1：1500–2500，Shannon：3.5–5.5）、β 多样性（与健康人群聚类分析）。
- 物种组成：门（厚壁菌 / 拟杆菌比值 0.8–1.2）、属（双歧杆菌、 Akkermansia 等有益菌丰度）、致病菌（艰难梭菌、沙门氏菌）筛查。
- 功能评估：代谢通路（SCFA 合成、维生素代谢）、耐药基因风险提示。
- 代谢物：SCFA 浓度（乙酸 20–60 mmol/L，丁酸 5–15 mmol/L）、胆汁酸谱。
- 临床建议：菌群失调类型、干预方向（如益生菌选择、FMT 适配性）。
2. 解读原则
- 结合症状与病史：单一指标异常≠疾病，需匹配腹泻、腹痛等临床表现。
- 动态对比：术前 / 术后、治疗前后的菌群变化比单次结果更有意义。
- 专业主导：报告由消化科 / 微生态科医生解读，避免非专业干预建议。
临床应用与干预指导
- rCDI：FMT 前检测菌群多样性、艰难梭菌载量；术后 4–8 周复查，确认菌群重建（多样性恢复、艰难梭菌清除）。
- IBD：活动期以菌群失衡（如变形菌门升高）为主，FMT 可辅助诱导缓解；缓解期维持有益菌丰度。
- IBS：腹泻型多伴拟杆菌减少、肠杆菌增多，优先调节菌群均匀度，配合饮食干预。
- FMT 供体：需通过全面检测（菌群多样性正常、无致病菌 / 耐药基因、代谢物平衡），确保安全性。
禁忌与注意事项
- 禁忌：严重免疫缺陷、未控制感染、样本污染（如含致病菌），避免检测误导治疗。
- 干扰因素：检测前 2–4 周停用抗生素、益生菌、泻药，减少结果偏差。
- 结果局限性：菌群检测为辅助评估，不能替代内镜、病理等金标准检查。
富玛特 “五维一体” 检测规范要点（行业标杆）
- 核心框架：微生物组成 + 功能基因 + 代谢产物 + 免疫反应 + 菌群活性，全维度评估。
- 量化标准：明确多样性指数、菌门比值、代谢物参考区间，提升结果可比性。
- 临床适配：FMT 供体 / 受体专用检测套餐，支持术前筛查、术后随访全流程管理。
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