目前来讲，粪菌移植全国最好的医院，没有权威的说法。粪菌移植(FMT)是一种治疗肠道菌群失调的医疗手段，目前在国内有很多家医院开展这一技术。以下是一些在粪菌移植领域较为知名的医院：

　　北京301医院，较早的开展菌群移植技术。

　　同济大学附属上海市第十人民医院，对儿童自闭症菌群移植有较深的研究。

　　南京医科大学第二附属医院，该医院的张发明教授团队拥有丰富的临床经验和技术积累。

　　北京协和医院，作为国内顶尖的综合医院，协和医院在粪菌移植技术方面也有一定的研究和应用。

　　中山大学附属第一医院，该医院的消化内科在粪菌移植领域也有较多实践和研究。

　　浙江大学医学院附属第一医院，该医院在肠道微生态研究和粪菌移植技术方面也有一定的影响力。

　　我们富玛特生物公司，作为粪菌移植厂家，同上述部分医院开展了技术合作，截止目前25年3月份，全国医院、机构开展合作已经达到500+。