菌群移植已被国家认定为正规医疗服务项目，医疗机构可依法依规收取相关费用，类比餐厅取得营业执照后合规经营。 但现阶段该项目能收费、大部分地区暂未纳入医保报销，患者暂无法使用医保结算。医保目录调整属于渐进式工作，需要积累更多真实世界临床研究数据，作为纳入报销的决策依据。

　　截止到2026年10月，西藏和江苏部分地区，有特定病种可以报销一部分，大部分开展菌群移植的医院还不能走医保报销。

　　哪些情况可以部分报销?

　　虽然菌群移植本身不能医保报销，但在公立医院接受治疗时，部分配套检查费用可能可以按当地医保政策报销，例如：

　　·移植前的常规血液检查、粪便检测

　　·胃肠镜检查(如治疗需要)

　　·住院期间的护理费用和常规药物费用

　　具体报销范围和比例因地区和医院政策不同而异，建议就诊前咨询当地医院医保办公室。