肠道菌群的检测方法：16S测序。近年来，随着高通量测序技术的发展，16S rRNA基因测序技术在细菌的鉴定与分类研究中发挥着越来越重要的作用。

　　16S rRNA基因普遍存在于细菌细胞，在细菌基因组中位于核糖体小亚基(约1540 bp)，该区域兼顾保守性和高变性，含有10 个保守区域(Conserved Regions)和 9 个高变区域(variable Regions)，保守区可用于设计引物进行目的片段的扩增，而通过对高变区的分析可以辨别细菌种类。因此，16S rRNA基因被认为是最适于细菌系统发育学研究和物种分类鉴定。目前用于16S rRNA基因深度测序的区域主要有V4区，V3-V4区、和V4-V5区等。

　　16S测序实验流程

　　将检测合格的环境微生物DNA样本对其指定区域进行PCR扩增、文库制备、文库质检、定量，使用设定的TAG序列进行样本区分。采用Illumina Hiseq 2500高通量测序平台对检测合格的文库进行测序。实验流程如下图所示：

　　16S分析流程

　　16S分析流程主要包括：Hiseq/Miseq测序获得的Paired-end (PE) reads拼接成一条序列，对目标序列进行质控过滤，过滤后的序列与参考数据库作比对，去除嵌合体序列得到最终得优化序列。基于优化序列进行OTU聚类分析和物种分类注释，基于OTU聚类结果进行多样性指数分析，基于分类学信息进行物种结构分析和物种差异分析。