病原微生物宏基因组检测(mNGS)是一种对样本中所有微生物(包括细菌、病毒、真菌、寄生虫等)的核酸进行高通量测序和分析的技术，主要用于以下几个方面的检测：

　　感染病原体的鉴定：能同时检测多种病原微生物，无论是已知的还是新出现的病原体，都可以通过与数据库比对来确定其种类。比如在不明原因发热、肺炎、脑膜炎等感染性疾病中，mNGS 可以帮助快速找到潜在的致病微生物，包括一些常规检测方法难以发现的病原体，如罕见病毒、非典型细菌等。

　　混合感染的诊断：当患者可能同时感染多种病原体时，mNGS 可以准确检测出所有存在的病原微生物，明确混合感染的情况。例如在一些重症感染患者中，可能同时存在细菌和真菌的感染，mNGS 能够全面检测，避免漏诊。

　　病原体耐药基因的检测：除了鉴定病原体种类，mNGS 还可以分析病原体基因组中的耐药基因，了解其对各类抗生素的耐药情况，为临床精准使用抗生素提供依据，有助于避免滥用抗生素，提高治疗效果。

　　感染性疾病的溯源和监测：在疫情防控、医院感染控制等方面，mNGS 可以对病原体进行基因分型和溯源分析，帮助追踪感染源和传播途径，以便采取有效的防控措施。例如在医院内发生的感染暴发事件中，通过 mNGS 可以确定是否为同一病原体引起，并找到可能的传播源头。

　　宏基因组测序，检测深度相对于16SrDNA检测来说，深度更大，但是价格很贵，基于预算考虑，一般做个16S检测就可以了。