菌群移植的两种主要方式是口服胶囊和肠镜移植。选择哪种方式主要取决于患者的具体情况和医生的建议。

　　口服胶囊是一种方便快捷的方式，患者接受度高，大部分患者普遍更青睐于使用吞服胶囊的方式进行移植。胶囊移植具有微创、方便的优点，能避免内镜操作从而消除穿孔的风险。此外，通过口服胶囊移植在审美上更令人愉悦，相对于其他移植方式，患者对这种移植方式的偏好更高。同时，口服胶囊可以降低菌群移植的成本，避免手术、麻醉和术后护理等步骤，更适用于应急情况的处理，例如复发性艰难梭菌感染或不宜手术的爆发性艰难梭菌感染等。

　　肠镜移植可以直接观察肠道情况并准确地将益生菌植入肠道内，适用于一些特定的情况，如肠道疾病严重或需要直接观察肠道情况时。肠镜移植的效果可能会比口服胶囊更直接和明显，但是它是一种侵入性的操作，可能会带来一定的风险和不适感。

　　因此，在选择菌群移植的方式时，应该根据患者的具体情况和医生的建议来做出决定。对于大部分患者来说，口服胶囊是一种方便快捷、安全有效的选择。如有需要，医生会根据患者的具体情况给出适合的治疗方案。