肠道菌群的种类非常丰富，具体数量因研究方法和个体差异而有所不同，但目前的科学估计大致如下：

　　1. 细菌种类

　　已鉴定的菌种：在健康人肠道中，已发现并鉴定出的细菌种类约 1,000~2,000种(基于分离培养和基因测序数据)。

　　核心菌种：其中约 100~200种是大多数人共有的“核心菌群”，如拟杆菌属(Bacteroides)、厚壁菌门(Firmicutes)等。

　　2. 真菌、病毒等其他微生物

　　真菌：肠道中已发现约 50~200种真菌(如念珠菌属、酵母菌)。

　　病毒：主要是噬菌体(感染细菌的病毒)，数量可能高达 数千种，但多数尚未分类。

　　古菌：较少，约 10~20种(如产甲烷菌)。

　　3. 基因多样性(微生物组)

　　肠道菌群的基因总数约为人类基因的 150倍(约 300万~500万个微生物基因)，反映出功能上的巨大多样性。

　　4. 个体差异

　　每个人的肠道菌群独特，仅携带其中约 160~300种优势菌种，且受饮食、环境、遗传等因素影响。

　　数据来源的挑战

　　培养限制：约60~80%的肠道微生物难以通过传统培养分离，依赖宏基因组测序技术(如16S rRNA或全基因组测序)推断种类。

　　分类标准：微生物的“种”定义可能因基因差异阈值(如97%相似度)而变动，导致统计差异。

　　总结

　　肠道菌群的“种类”若包含细菌、真菌、病毒等，总数可能达 数千种，但实际在个体中稳定存在的优势种类较少。研究仍在更新这些数据，尤其是对未培养微生物的探索。一般客户需求，做一个肠道菌群16s测序就可以，这是查细菌的。查真菌、寄生虫是另外的测序方法，有的叫ITS测序，有的叫18S测序。查病毒的测序方法叫宏基因组测序，同时价格也是最贵的。